近年民眾愈來愈重視環保與健康，清明時節已有多處公墓及靈骨塔（樓）採取禁止燒香、燃燭、封金爐及紙錢集中燒等措施，除了避免火災發生，降低碳排放改善空氣品質外，還可避免民眾吸入因焚燒產生的PM2.5及其他有害污染物質，保護呼吸道健康。
臺北市知名的行天宮及龍山寺自從不燒金紙、不焚香後，由台大研究團隊測量發現PM2.5數值明顯改善。依據行政院環保署資料顯示，焚香燒金紙會產生硫氧化物、氮氧化物、一氧化碳、苯、甲苯、甲醛、多環芳香烴及細懸浮微粒等多種物質，其中苯、甲苯、甲醛、多環芳香烴具致癌性，危害人體健康，特別是有心肺功能障礙的民眾如慢性阻塞性肺病、氣喘等，應盡量避免曝露於焚香燒金紙的環境。
國民健康署建議民眾清明祭祖時採取以下方式表達對祖先的尊敬，同時保護自己與家人健康：
- 雙手合十，以花代香，心誠則靈。
- 如需焚香燒金紙，務必選用符合國家標準（CNS）規範的香品，使用防空污的環保金爐，並減少焚燒量；焚燒時注意良好通風，避免大量吸入燃燒煙霧。
- 可配戴口罩，減少暴露。